Được công nhận là sáng kiến khu vực đầu tiên nhằm cứu nguy đa dạng sinh học phong phú nhưng bị đe dọa cao của ASEAN, ACB ra đời là sự tiếp nối của Trung tâm Bảo tồn Đa dạng Sinh học Khu vực ASEAN (ARCBC), một dự án hợp tác của ASEAN và Liên minh Châu Âu (EU), và do Bộ Môi trường và Tài nguyên của Philippines đăng cai tổ chức.